Captain Toad: Treasure Tracker ziet eruit als een schattige puzzelgame waarin Captain Toad de aandacht naar zich toe zal trekken, maar hij was niet de oorspronkelijke held van de game. De game werd immers eerst met Link (uit The Legend of Zelda) in het achterhoofd gemaakt. Vermits er niet gesprongen kon worden vond Shinya Hiratake (de director) niet dat het spel paste bij Mario. Een prototype werd gemaakt met Link en uiteindelijk in Super Mario 3D World gestopt als mini-game met Captain Toad. Miyamoto (die sowieso al zijn goedkeuring gaf) sprak het team nadien aan om er een volledige game van te maken en zo geschiedde dus met Captain Toad: Treasure Tracker.